Read_Me
○ 分子の3次元データ
1) ChemscapeChime を用いた分子の3次元表示
「分子のかたちを見てみよう」の分子データ
Index of /phys/jugyou/molecule/mol_files/html/
DNA や タンパク質などの生体高分子の構造データ
Index of /phys/jugyou/molecule/mol_files/pdb/
2) Jmol を用いた分子の3次元表示
「分子のかたちを見てみよう」の分子データ
Index of /phys/jugyou/molecule/mol_files/html/
DNA や タンパク質などの生体高分子の構造データ
Index of /phys/jugyou/molecule/mol_files/pdb/
○ データについての説明
上位ディレクトリにおかれているファイルを、Chem3D がインストールされていない
PC環境でも表示できるよう .mol 形式で保存しなおしました。
なお、これらのファイルは、群馬高専の1年生向け授業「総合物作り体験」
のうち「分子・物質・エネルギー」のテーマでの実習におけるデモンストレーション用
として作成されたものです。立体構造の正確さを保証するものではありませんので
ご注意ください。
また、DNA や タンパク質などの生体高分子の構造データは、PDB (Protein Data Bank)
よりダウンロードしたものをそのまま、あるいは適宜加工を加えたものです。
○ 分子の3次元表示のための方法
これらのファイルを表示するために、次の2種類の方法があります。
1) ChemscapeChime のインストールされた環境において、ウェブブラウザで開く。
2) Jmol という Java Applet を利用して、ウェブブラウザで開く。
いずれの方法も無料ですが、事前の設定が必要な場合があります。このページの
下方にその方法等を記載しました。
また、いずれの方法を用いる場合も、windowsXP などのOSで、IEのウィンドウ上
部に表示される情報バーに「セキュリティ保護のため、コンピュータにアクセス
できるアクティブコンテンツは表示されないようInternet Explorer で制限され
ています。オプションを表示するには、ここをクリックしてください。」と表示
されることがあります。その場合は、情報バーをクリックして表示される「ブロ
ックされているコンテンツを許可」を選択し、続いて表示される「このファイル
でアクティブコンテンツを実行しますか?」に「はい」を選択してください。
○ ChemscapeChime について
Chime とは、Symyx社 (旧 MDL社)より提供されている無料のソフトウェアであり、
Internet Explorer または Netscapeなどブラウザのプラグインとして機能し、
2次元および3次元の分子モデルを直接ウェブページに表示することを可能にします。
.mol 形式のファイルや .pdb 形式のファイル(ProteinDataBank 形式。註1)を
針金モデル,球棒モデル,空間充填モデルなど多様な方法で表示することが可能で、
分子モデルをマウスを使って自由自在に動かすことができます。
また、講談社ブルーバックスより、この ChemscapeChime を用いた分子表示の教材
「パソコンで見る 動く分子事典」(註2)が出版されています。関連してこの本の
著者の本間先生のWeb上では、800以上の分子モデルを参照できるデータ集が
公開されており、圧縮データをダウンロードして利用することができるほか、
ウェブ上より、いろいろな分子データを見ることができます(註3)。
○ ChemscapeChime のインストール
次のことを行う必要があります。詳細は、下の参考 URI をみてください。
1)Symyx (旧 MDL) のページを開く。http://www.mdl.com/jp/index.jsp
2)個人登録を行う。
3)登録されたユーザー名、パスワードでログインする。
4)製品ダウンロードより「MDL(R) Chime」を選択し、ダウンロードする。
5)保存された「MDLChime26SP7.exe」を実行する。
なお、インストール時にライセンス契約に同意する必要がありますが、
課金なしで使用できます。また、Win用、Mac用があります。
(重要)IE7 では不具合があり、Chimeを使用することができない
という情報があります。
前のバージョン(Chime 2.6 SP6)では、IE7 に対応しておらず、
Chimeを使用することができないという情報がありましたが、
最新のバージョン(Chime 2.6 SP7)(リリース 31-Jul-07)では、
IE7 にも対応したようです。
○ Jmol についての説明
Jmolは、分子を3次元表示するための Java Applet です。通常、特別なインス
トール等は必要ありませんが、「アクティブコンテンツの表示を許可」しないと
表示できないことがあります。また、パソコン機種によっては Java Runtime の
インストールが必要な場合があります。
Java Runtime のインストールには:http://java.com/ja/download/windows_ie.jsp
○ 参考 URI : ChemscapeChime のインストール、チュートリアル
http://www.ecosci.jp/manual/cc_m02w.html
http://sgkit.ge.kanazawa-u.ac.jp/~kunimoto/kougi/chime_setup/chime_setup.html
http://www.cs.kyoto-wu.ac.jp/~konami/chem/molecules/chimeinstall.html
○ 註
1:X-線結晶解析により構造決定された生体高分子の原子座標は、
Protein Data Bank から Web を介して無料で頒布されている。
http://www.rcsb.org/pdb/
2:パソコンで見る動く分子事典 −デジタル3D分子データ集の決定版−
発行:1999/09/20 (2006/01/20,9刷)
本間善夫・川端 潤 共著
ISBN:978-4-06-257266-8
定価(税込):1,890円
3:http://www.ecosci.jp/moldic/index_1st.html
http://www2d.biglobe.ne.jp/~chem_env/index.html
○ この ReadMe ファイルの作成者、作成日
群馬高専 物質工学科 中島敏
2007.04.23
(2008.04.16 追記、変更)