Read_Me

○ 分子の3次元データ

 1) ChemscapeChime を用いた分子の3次元表示

 「分子のかたちを見てみよう」の分子データ
 Index of /phys/jugyou/molecule/mol_files/html/
 
 DNA や タンパク質などの生体高分子の構造データ
 Index of /phys/jugyou/molecule/mol_files/pdb/
 
 
 2) Jmol を用いた分子の3次元表示

 「分子のかたちを見てみよう」の分子データ
 Index of /phys/jugyou/molecule/mol_files/html/
 
 DNA や タンパク質などの生体高分子の構造データ
 Index of /phys/jugyou/molecule/mol_files/pdb/


○ データについての説明

 上位ディレクトリにおかれているファイルを、Chem3D がインストールされていない
 PC環境でも表示できるよう .mol 形式で保存しなおしました。
 なお、これらのファイルは、群馬高専の1年生向け授業「総合物作り体験」
 のうち「分子・物質・エネルギー」のテーマでの実習におけるデモンストレーション用
 として作成されたものです。立体構造の正確さを保証するものではありませんので
 ご注意ください。

 また、DNA や タンパク質などの生体高分子の構造データは、PDB (Protein Data Bank) 
 よりダウンロードしたものをそのまま、あるいは適宜加工を加えたものです。

 
○ 分子の3次元表示のための方法

 これらのファイルを表示するために、次の2種類の方法があります。

 1) ChemscapeChime のインストールされた環境において、ウェブブラウザで開く。
 
 2) Jmol という Java Applet を利用して、ウェブブラウザで開く。
 
 いずれの方法も無料ですが、事前の設定が必要な場合があります。このページの
 下方にその方法等を記載しました。
 
 また、いずれの方法を用いる場合も、windowsXP などのOSで、IEのウィンドウ上
 部に表示される情報バーに「セキュリティ保護のため、コンピュータにアクセス
 できるアクティブコンテンツは表示されないようInternet Explorer で制限され
 ています。オプションを表示するには、ここをクリックしてください。」と表示
 されることがあります。その場合は、情報バーをクリックして表示される「ブロ
 ックされているコンテンツを許可」を選択し、続いて表示される「このファイル
 でアクティブコンテンツを実行しますか?」に「はい」を選択してください。
 
 
○ ChemscapeChime について

 Chime とは、Symyx社 (旧 MDL社)より提供されている無料のソフトウェアであり、
 Internet Explorer または Netscapeなどブラウザのプラグインとして機能し、
 2次元および3次元の分子モデルを直接ウェブページに表示することを可能にします。
 .mol 形式のファイルや .pdb 形式のファイル(ProteinDataBank 形式。註1)を
 針金モデル,球棒モデル,空間充填モデルなど多様な方法で表示することが可能で、
 分子モデルをマウスを使って自由自在に動かすことができます。
 また、講談社ブルーバックスより、この ChemscapeChime を用いた分子表示の教材
 「パソコンで見る 動く分子事典」(註2)が出版されています。関連してこの本の
 著者の本間先生のWeb上では、800以上の分子モデルを参照できるデータ集が
 公開されており、圧縮データをダウンロードして利用することができるほか、
 ウェブ上より、いろいろな分子データを見ることができます(註3)。


○ ChemscapeChime のインストール

 次のことを行う必要があります。詳細は、下の参考 URI をみてください。
 1)Symyx (旧 MDL) のページを開く。http://www.mdl.com/jp/index.jsp
 2)個人登録を行う。
 3)登録されたユーザー名、パスワードでログインする。
 4)製品ダウンロードより「MDL(R) Chime」を選択し、ダウンロードする。
 5)保存された「MDLChime26SP7.exe」を実行する。

 なお、インストール時にライセンス契約に同意する必要がありますが、
 課金なしで使用できます。また、Win用、Mac用があります。

 (重要)IE7 では不具合があり、Chimeを使用することができない
 という情報があります。
 
 前のバージョン(Chime 2.6 SP6)では、IE7 に対応しておらず、
 Chimeを使用することができないという情報がありましたが、
 最新のバージョン(Chime 2.6 SP7)(リリース 31-Jul-07)では、
 IE7 にも対応したようです。


○ Jmol についての説明

 Jmolは、分子を3次元表示するための Java Applet です。通常、特別なインス
 トール等は必要ありませんが、「アクティブコンテンツの表示を許可」しないと
 表示できないことがあります。また、パソコン機種によっては Java Runtime の
 インストールが必要な場合があります。

 Java Runtime のインストールには:http://java.com/ja/download/windows_ie.jsp
 


○ 参考 URI : ChemscapeChime のインストール、チュートリアル
 http://www.ecosci.jp/manual/cc_m02w.html
 http://sgkit.ge.kanazawa-u.ac.jp/~kunimoto/kougi/chime_setup/chime_setup.html
 http://www.cs.kyoto-wu.ac.jp/~konami/chem/molecules/chimeinstall.html


○ 註
1:X-線結晶解析により構造決定された生体高分子の原子座標は、
  Protein Data Bank から Web を介して無料で頒布されている。
  http://www.rcsb.org/pdb/
2:パソコンで見る動く分子事典 −デジタル3D分子データ集の決定版−
  発行:1999/09/20 (2006/01/20,9刷)
  本間善夫・川端 潤 共著
  ISBN:978-4-06-257266-8
  定価(税込):1,890円
3:http://www.ecosci.jp/moldic/index_1st.html
  http://www2d.biglobe.ne.jp/~chem_env/index.html


○ この ReadMe ファイルの作成者、作成日
   群馬高専 物質工学科 中島敏
    2007.04.23
   (2008.04.16 追記、変更)